Если файл не удаляется, из transmission GUI, то нужно установить в файле кофигурации transmission параметр umask и перезапустить демона:

# При значении параметра umask=18 по-умолчанию создаваемые файлы имеют права:
# -rw-r--r-- 1 debian-transmission debian-transmission
 
# Остановим transmission-daemon
service transmission-daemon stop
 
 
  # В файле
  # settings.json
 
    "umask": 8,
 
 
#
# Стартуем, файлы будут с правами 
# -rw-rw-rw- 1 debian-transmission debian-transmission
 
service transmission-daemon start