Останавливаем MySQL:
# /etc/init.d/mysql stop
Запускаем MySQL с новыми параметрами:
# mysqld_safe --skip-grant-tables &
Соединяемся с MySQL, указываем базу mysql, так как в ней меняем пароль:
# mysql -u root mysql
...
mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD('новый пароль') WHERE User='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
mysql> exit
Затем перезапускаем MySQL:
# /etc/init.d/mysql restart