Все, что угодно, умеет утилита qemu-img, которая идет в комплекте с ProxMox

# Из vmdk в qcow2
qemu-img convert   -p -f vmdk -O qcow2  SOURCE.vmdk ./102/vm-102-disk-0.qcow2
 
# Из vdi в qcow2
qemu-img convert -f vdi  z46-disk001.vdi -O qcow2 vm-100-disk-0.qcow2